氨基酸非键作用指数用于HLA-A*0201限制性CTL表位定量预测研究

氨基酸非键作用指数用于HLA-A*0201限制性CTL表位定量预测研究

目的 预测SSX-1和SSX-4抗原HLA-A*0201限制性表位.方法 从分子的三维空间结构出发,基于静电、立体、疏水这三类与生物活性直接相关的非键作用方式,经主成分分析技术(PCA)得到了一种新的分子结构表达方法--氨基酸非键作用指数.利用该指数结合偏最小二乘(PLS)算法对152个HLA-A*0201限制性CTL表位进行了定量构效关系(QSAR)建模,再使用该模型对SSX-1和SSX-4抗原HLA.A*0201限制性表位进行预测.结果 预测出8个活性值大于7的九肽表位.结论 通过对SSX-1和SSX-4抗原HLA-A*0201限制性表位的预测,从而为SSX-1和SSD-4抗原HLA-A*0201限制性表位的实验探测和鉴定打下了基础.

作 者： 张梦军 周鹏 李声时 肖正华 邓金 ZHANG Meng-jun ZHOU Peng LI Sheng-shi XIA Zheng-hua DENG Jing   作者单位： 张梦军,肖正华,邓金,ZHANG Meng-jun,XIA Zheng-hua,DENG Jing(第三军医大学医学检验系分析化学教研室,重庆,400038)

周鹏,李声时,ZHOU Peng,LI Sheng-shi(湖南大学化学生物传感与计量学国家重点实验室,长沙,410082;重庆大学化学化工学院,重庆,400044) 

刊 名： 免疫学杂志  ISTIC PKU 英文刊名： IMMUNOLOGICAL JOURNAL  年，卷(期)： 2007 23(4)  分类号： O641.12  关键词： SSX-1   SSX-4   氨基酸非键作用指数   HLA-A*0201   CTL表位   定量构效关系  

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