CVTree在454高通量测序分析菌群结构中的应用

CVTree在454高通量测序分析菌群结构中的应用

目的 探究将基于短串频度的CVTree方法用于反映菌群结构的16S rRNA基因的454高通量测序数据分析的可行性,为快速分析高通量菌群结构数据提供新的方法.方法 对一个四世同堂的中国家庭7名成员肠道菌群和不同基因型及饮食类型的小鼠肠道菌群用454高通量方法获得16S rRNA基因的V3区的测序数据,用CVTree的方法进行菌群结构的比较分析.结果 通过选取合适的短串长度,CVTree的方法能准确检测到各样本间的聚类关系,其结果与之前文献报道的基于Unifrac算法的结果相一致.结论 CVTree能快速、有效地处理16S rRNA基因的454高通量测序数据,实现对不同菌群结构相似性的比较分析.

作 者： 华蔚颖 徐昭 张梦晖 李旻 张晨虹 赵立平   作者单位： 华蔚颖,张梦晖,李旻,张晨虹,赵立平(上海交通大学生命科学技术学院,微生物分子生态与生态基因组学实验室,上海,200240)

徐昭(复旦大学,理论生命研究中心,上海,200433) 

刊 名： 中国微生态学杂志  ISTIC 英文刊名： CHINESE JOURNAL OF MICROECOLOGY  年，卷(期)： 2010 22(4)  分类号： Q-31  关键词： CVTree   454高通量测序   菌群结构  

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