植物基因转录起始频率分析

时间：2023-04-26 20:14:02 生物医学论文我要投稿

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植物基因转录起始频率分析

利用UniGene数据库转录本序列数据,通过生物信息学方法,对已有全长mRNA序列数据的基因进行其转录本5'端序列的比对,获得该基因编码区前所有转录本的启始位点信息.通过7种植物17437个基因的分析表明,植物基因平均在171 bp(mRNA水平上)或174 bp(基因组水平上)的区间内转录启始,转录频率分布基本呈正态分布.为此我们研发了基因转录启始频率分析程序包PIFMaker,并基于以上分析获得的数据,建立了植物基因转录频率数据库(PIFdb,http://ibi.zju.edu.cn/bioinplant/).本研究分析基于该数据库第2版(Release 2.0)的数据.

植物基因转录起始频率分析

作者：张扬徐国华樊龙江 ZHANG Yang XU Guo-hua FAN Long-jiang 作者单位：张扬,ZHANG Yang(浙江大学IBM生物计算实验室,浙江,杭州,310029)

徐国华,XU Guo-hua(浙江大学,作物科学研究所,浙江,杭州,310029)

樊龙江,FAN Long-jiang(浙江大学IBM生物计算实验室,浙江,杭州,310029;浙江大学,作物科学研究所,浙江,杭州,310029)

刊名：浙江大学学报（农业与生命科学版） ISTIC PKU 英文刊名： JOURNAL OF ZHEJIANG UNIVERSITY(AGRICULTURE & LIFE SCIENCES) 年，卷(期)： 2006 32(2) 分类号： Q78 关键词：转录位点转录起始频率 UniGene PIFdb 水稻拟南芥

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