交通运输业的税率发生了明显的变化，从以前按3%的税率缴纳营业税变成了按11%的税率缴纳增值税。物流辅助服务业的税率变化相对较小，由以前按5%的税率缴纳营业税变成了按6%的税率缴纳增值税。(见表1)根据财税[2011]111号文件的规定，交通运输业是指使用运输工具将货物或者旅客送达目的地，使其空间位置得到移动的业务活动，包括陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务和管道运输服务，但暂不包括铁路运输服务。
表1 “营改增”政策前后税率变化
值得注意的是，交通运输业和物流辅助服务业都是按差额缴纳营业税的。实践中，在计算缴纳营业税时，允许交通运输业和物流辅助服务业从收入中扣除部分费用。允许扣除的费用种类在沪地税一[1995]60号，沪地税一[1999]86号和沪地税货[2010]28号以及国家税务总局发布的国税发[2003]121号文件中进行了规定。但需要注意的是，不同的省份可能会有不同的扣除标准。
试点政策基本延续了这些法规的精神，只是基于增值税立法原理稍微做了一些修改。原则上，如果这些费用应交增值税，那么就可以作为进项税直接予以抵扣。但是，如果这些费用应交营业税，则通过对销售额抵减进行抵扣，但前提是这些费用属于原营业税政策下可扣除的项目。随着目前增值税改革逐步在全国范围铺开，这些问题出现的几率就会大大降低。
几家欢喜几家愁
正在进行试点的“营改增”，是目前规模最大的结构性减税措施。“营改增”试点以来，并非想象中的波澜不惊。
从各方调查来看，“营改增”确实让不少小规模纳税人资质的企业受惠。然而与此相反的是，虽然“营改增”从理论层面上来讲将大大为企业减负，但因为各种现实原因，许多企业恰恰出现了在改革过程中与其改革目的相悖的涉企税负增加现象，而交通运输业则是税负增加最为显著的“重灾区”。把交通运输业细分来看，航空运输是大幅度减税的，水路运输是基本平衡的，只有陆地运输在试点初期税负增加较为明显。
交通运输业和物流服务业具有系统性、大宗性等特点，涉及范围广且需要众多部门通力合作，也正是因为这样的特点，许多企业在“营改增”改革过程中面临着不同于其他行业的困难与问题。
1. 操作过程中增值税出票难。以运营运输工具的交通运输企业为例，虽然“营改增”之后很多成本可以抵扣增值税进项税，但由于实际操作过程中的许多限制：例如采购方取得增值税专用发票需要向一般纳税人提供许多证件复印件，并办理相关手续等，导致增值税专用发票在运输过程中取得困难，无形中增加企业成本。
2. 抵扣范围小。以物流企业为例，其费用包括燃油费、过路过桥费、人员工资、车辆折旧等几大项。其中，路桥收费站不可能给物流企业开具增值税发票，也就是说过路过桥费无法作为进项抵扣;燃油费用方面，长途行驶的货车经常会遇到没有增值税发票、只有普通发票的加油站，这部分燃油费用也无法冲抵增值税。另外，人员工资也不能作为进项抵扣，由此可见物流企业的损失比较大则是必然结果。
3. 交通运输物流业细分行业复杂，覆盖范围广，实践中计税过程非常复杂。以陆路运输企业为例，更加深层次的问题在于行业的细分。大型企业一般为增值税一般纳税人，这些企业在签订服务合同后会将一部分业务分包给当地的小型服务提供商。由于这些小型服务提供商往往不能开具增值税专用发票，会导致重复纳税的问题，缩小了企业的利润空间。
当然，也有企业税负减轻。主要有两种情况：
1. 小规模纳税人企业“营改增”后实际税率下降。交通运输业实施增值税后，对于应税服务年销售额不超过500 万元的试点纳税人采取按销售额和征收率计征增值税的简易征收办法，征收率为 3%，和原来的营业税相比，税率相当。由于增值税是价外税，企业所缴纳的增值税为含税收入/(1+0.03)×3%，而营业税是价内税，按现行税制缴纳的营业税为营业额×3%，在相同条件下计税依据减少，营改增后税负有所下降。
2. 一般纳税人企业税率虽有所调整，但由于“营改增”使本企业可抵扣进项税增加以及企业生产经营规模扩大使可抵扣进项税增加，实际税负也明显减轻。调查中，有97.8%的税负下降企业是由于“营改增”后上游企业可开出增值税发票，或本企业购进设备扩大规模所带来的进项税抵扣增加而使实际税负减轻。
对于注册在上海综合保税区内的航运企业来说，“营改增”没有影响。据上海某国有航运企业的相关负责人介绍：“注册在上海综合保税区的企业从事国际航运、货物运输、仓储、装卸搬运、国际航运保险业务取得的收入，免征营业税。因此对我们来说，不存在营业税的问题，也就不存在‘营改增’的问题。”
新政策新筹划
随着税制改革的不断扩围，企业首先面对的便是实际操作层面的问题。例如：不同类型的服务适用不同的增值税税率，进项税金抵扣涉及以增值税发票抵扣，销售额减除项目抵扣，部分进项税额无法抵扣的问题;某些劳务是否可以享受零税率、免税还是在应税范围之内;是否需要履行代扣代缴义务以及复杂的会计核算和发票开具流程。
在企业经营战略方面，“营改增”打通了产业链条，扩展了企业的业务范围。经营状况较好的企业可以借“营改增”试点东风，增加投入，开拓业务，加大技术改造和创新力度。如某工业机械租赁有限公司今年新购大量叉车，扩大业务规模，而且由于进项税抵扣额巨大，实际缴纳增值税同比下降98.6%。上海某交通运输控股股份有限公司今年大量购置新车，服务能力升级。“营改增”为这些企业提供了加大投入、扩展业务的绝好机会，使企业税负减轻，有资金和能力去增加技术改造投入，以扩大规模、提升服务能级。