抗诉制度的核心目标应当是为了制约审判权、维护司法公正和监督司法腐败，体现权力监督权力的思想，宣示制度的正义和平衡。极端追求客观真实，而置裁判稳定以及回复法定秩序于次要地位，不仅使当事人的权利义务总处于不稳定状态，也损害了程序的安定性和诉讼的公正性。不仅社会大众，特别是检察机关，除了保持对判决既判力的尊重外，还应对案件保持足够的中立性，不能因为其法律监督身份而对一方当事人表现出倾向性保护。
(一)抗诉机关恪守“中立”的程序构建
1.构建听证程序，让抗诉机关在申诉审查阶段恪守“中立”。为切实保障申诉人之外的其他当事人的合法权利，检察机关在抗诉审查阶段应建立听证程序，以达到“兼听则明”的效果。就操作层面而言，该程序应涵盖以下内容：一是检察机关在决定立案受理申诉人申请后，应及时通知其他当事人，告知其他当事人的权利义务;二是其他当事人提出书面意见的，应将该意见送交另外的当事人;三是申诉案件进入审查阶段后，应给予申诉案件各方当事人同等的举证期限;四是对拟决定提起抗诉的申诉案件，应告知当事人有申请听证的权利;五是当事人申请听证的，应按规定召开听证程序，听取各方当事人的意见，并在此基础上制作《审查终结报告》。
2.规范调查取证行为，让抗诉机关“不偏袒”地调查取证。《办案规则》第十八条规定，有下列情形之一的，人民检察院可以调查取证：(一)当事人及其诉讼代理人由于客观原因不能自行收集的主要证据，向人民法院提供了证据线索，人民法院应予调查而未进行调查取证的;(二)当事人提供的证据互相矛盾，人民法院应予调查取证而未进行调查取证的;(三)审判人员在审理该案时可能有贪污受贿、徇私舞弊或者枉法裁判等违法行为的;(四)人民法院据以认定事实的主要证据可能是伪证的。
关于当事人申请人民法院调取而未予调取，以及当事人提供的证据相互矛盾，法院未依职权调取证据的情形，我们认为，当事人向法院申请调取证据，是否准许，以及证据相互矛盾，法院是否依职权调取，属审判权的范畴，抗诉机关不能因法院未准许或未依职权调取，而让抗诉监督权直接取代审判权，正如即使法院裁判存在错误，检察机关亦不能自行审理该案件是一样的道理。对此情形，抗诉机关可以作为抗诉理由向法院提出或者在提出抗诉的同时，单独就调取证据问题向法院提出检察建议，而不能自行调取。
关于认定案件事实的主要证据系伪证的情形。我们认为，在民事、行政案件中，法律已就案件当事人的举证行为及法律后果进行了规定，抗诉机关作为公权机关不能逾权去打破这种立法设置的“对抗平等性”，即使确实存在有伪证情形，其举证责任亦应归结为案件当事人，检察机关不应主动调取证据。同时，如果涉及当事人申请法院调取证据或者法院应依职权调取证据，以证明据以定案的主要证据系伪造的，则抗诉机关也不应主动调取证据。
关于审判人员可能存在贪贿、徇私、枉法等情形。我们认为，这恰好是法律直接赋予法律监督机关的重要职权，此情形下，不仅抗诉机关可以调查取证，并且是应当调查取证，并可以在再审程序中直接向法庭出示。
(二)准确界定抗诉机关的诉讼地位和任务
民行案件抗诉机关，在民行再审案件中具有双重身份，既是再审程序启动者，也是再审诉讼监诉人。启动者身份，再审程序一旦启动，其职能即完结，监诉人身份，其贯穿于再审程序始终，但其又是超脱于原、被告双方利益而仅代表国家利益、社会公共利益的第三方。于此，关于抗诉机关的庭审任务，可做一般与特别区分。就一般情况而言，抗诉机关具有宣读抗诉书和发现庭审违法活动的责任或权力;就特定情况而言，抗诉机关还具有发表出庭意见的责任或权力。如因原生效裁判损害国家利益、社会公共利益、社会公序良俗而提起抗诉，或者因原审审判人员存在贪贿、徇私、枉法等而提起抗诉时，抗诉机关就不仅仅是对原审案件当事人利益的干预，更是国家利益、社会公共利益的代表和捍卫者，这种情况下，抗诉机关不仅可以调查取证、举证和质证，还可以发表出庭意见，参与法庭辩论，以及进行最后陈述等。
(三)科学制定抗诉案件评价机制
一要提高法官、检察官的办案质量，这是化解抗诉困境最基础的举措。一方面因办案质量的提升，从源头减少抗诉再审案件的发生;另一方面，大力预防不当的、不羁的抗诉，有利于维护法治统一，树立司法权威。二要建立民行抗诉案件科学评价机制。就法院而言，应将抗诉后改判指标单独提取，单独作为一项考核指标，以正视民行抗诉制度的正当价值;就检察机关而言，要调整一些不科学的考核指标，防止少数检察人员为追求绩效而“揽案源”、“滥抗诉”。