目前铅已是环境中的重点污染物之一，随着工业的快速发展及“三废”物质的大量排放，水体中的铅等重金属含量越来越高。如人们食用加工粗糙的慈菇，就可能会导致慢性中毒，对健康产生较大的危害。有研究发现，随着水体、土壤中铅浓度的增加，慈菇各部位铅含量呈上升趋势，铅残留量以慈菇球茎表皮最高，顶芽次之，去皮球茎最少。当土壤和水中的铅浓度达到每升50毫克时，慈菇顶芽的铅残留量为每公斤0.22-0.25毫克，表皮的为0.29-0.37毫克，均超过每公斤0.2毫克铅这一无公害蔬菜产品国家标准限量值。
如果将慈菇球茎表皮去除后，铅残留量为每公斤0.11-0.12毫克，低于国家标准，这时食用，相对安全。
专家指出，慈菇球茎在土壤中成长，表皮直接接触土壤中的铅而导致吸收和积累较多，从而使得慈菇球茎表皮的铅积累量最高。
为保证慈菇食用安全，加工时首先不要怕麻烦，认真去除表皮，其次不要怕浪费，要把顶芽掐掉。