药物化学的目标是使学生掌握常用药物的合成原理，理化性质的变化规律，体内代谢与药理作用之间关系的基础知识;熟悉药物的化学结构、理化性质、体内代谢与药理作用之间关系;同时熟悉新药研究的基本方法和近代新药发展方向，为有效合理使用化学制药提供理化依据，为从事新药研究奠定基础。通过本专业的学习，使学生能够熟悉化学药物的结构、理化性质、体内代谢及临床应用，为有效、合理地使用化学药物提供理论依据，为从事新药研究奠定理论基础。
药物化学就业方向
该专业的毕业生，因为有着扎实的生化研究和分析的基础，则也有着多方面的就业机会，一是可以进入日用化工行业，二是可以进入生化药品行业，三是可以进入石油化工行业，四是可以直接进入制药和从事药物制剂开发、研究、质检以及销售代理岗位。
药物化学就业前景
药物化学专业的毕业生就业前景还是不错的，尤其是男生就业比较乐观，在药学领域，单从技术上考虑，药物化学是最有前途的，薪资也比较高。该专业的毕业生就业方向为各类药物研究单位，有机化学研究所、医药生产企业和药政机构等单位，也可从事高等学校的教学工作。