柔性原子受体模型(FLARM)

柔性原子受体模型(FLARM)

柔性原子受体模型(Flexible Atom Receptor Model,FIARM)方法使用了改进的遗传算法(IGA),比传统的受体模型方法具有更快的计算速度;FLARM受体模型中的原子空间坐标在遗传演化过程中是可变的,避免了不合适的起始位点对模型的影响;另外,FLARM用增加空原子权重的方法,可以生成不完全封闭的、允许有大段空区域的受体模型,这样的模型能更好地模拟实际受体的结构,并且容易和药效团模型找到对应关系.我们用FLARM方法分别计算了甾类化合物体系的CBG蛋白亲和性和1,1,3-三氧-2H,4H-噻吩并[3,4-e][1,2,4]噻二嗪衍生物(TID)体系的抗HIV-1活性,计算结果表明FIARM生成的虚拟受体模型对配体分子的活性具有较高的预测能力,在此虚拟受体模型的基础上还可以进一步分析虚拟受体分子与配体分子的相互作用机制,对真实受体分子结构的活性位点进行初步预测.

作 者： 裴剑锋 周家驹   作者单位： 中国科学院过程工程研究所,北京,100080  刊 名： 化学学报  ISTIC SCI PKU 英文刊名： ACTA CHIMICA SINICA  年，卷(期)： 2002 60(6)  分类号： O6  关键词： 柔性原子受体模型   遗传算法   甾类化合物   TTD   药物设计  

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