(2)药品难满足的矛盾。合作医疗微薄的资金也只能维持简单治疗。而患者则认为，国家、个人都给你钱了，就要指名要药、要好药，为此，医患矛盾突出反映在指名要药上。
(3)误区难克服的矛盾。合作医疗实质上是一种简易的统筹医疗。而那些身体好没有病的人陷人了他钱拿出去了，不吃药他吃亏的误区。所以，医患矛盾就显现在没病也要药上。
(4)用药难合理的矛盾。医生一般是根据患者的病情，按照轻重缓急，本着节省、速效的原则合理用药，而患者考虑的是多用药、用贵药、用新药，在用药方面往往医患矛盾很大。
(5)人才难招聘的矛盾。技术好的医生用药少治得好，技术差的医生用药多治不好。合作医疗只是维系低水平医疗，不可能用高薪聘请高技术的医生。另外，有技术的医生也不愿加人合作医疗里来工作，这是一个非常难解决的矛盾。
合作医疗解决了看病难这个老矛盾，医疗难的新矛盾又出来了，这就是矛盾是运动的、发展的、转化的规律的体现。农村合作医疗难以克服的五个矛盾告诉人们：解决农民看病难必须在医疗制度上进行创新。
十二、结语
新型农村合作医疗是建设社会主义新农村的基本条件，是惠及亿万农民的好事，而坚持农民自愿是新型农村合作医疗的基本原则之一，但自愿不等于放任自流。合作医疗要想取得成功，必须突破农村医疗服务体系建设的瓶颈，提高医疗卫生机构的服务能力，控制医疗服务费用。在推行新型农村合作医疗中，坚持以人为本的服务理念，就要尊重农民，给参合农民更多的权利，并创造条件，使得他们的各种权利得以充分行使，只有这样，这一政策才能得到广大群众的真心拥护。要创新机制，确保基金筹措到位，让农民及时、足额地领取到补助，提高农民对新型农村合作医疗制度的认同和参与程度。
各地要遵循政策要求，因地制宜，有效利用和合理调配农村现有卫生资源，通过规范管理，提升农村医疗卫生机构的服务能力，控制不合理费用，使农民方便就医、放心就医。