球状蛋白质分子中氨基酸紧密接触对性质的研究

球状蛋白质分子中氨基酸紧密接触对性质的研究

采用CSU软件(Contacts of structural units),对61种球状蛋白质分子中氨基酸紧密接触对(Residue-residue contact)进行了研究.重点研究了不同氨基酸在形成远程紧密接触对(Long-range contact)和近程紧密接触对(Short-range contact)时的不同能力.发现氨基酸Leu,Val,Ile,Met,Phe,Tyr,Cys,Trp(疏性氨基酸,H)比较容易形成远程紧密接触对,氨基酸Glu,Gln,Asp,Asn,Lys,Ser,Arg,Pro(亲水氨基酸,P)比较难形成远程紧密接触对,而氨基酸Ala,Gly,Thr,His(中性氨基酸,N)在形成远程紧密接触对时能力一般.它们平均每个氨基酸可形成6.03,3.64和4.43个远程紧密接触对.同时它们在形成近程紧密接触对时能力非常接近,平均每个氨基酸可形成的近程紧密接触对数目在2.34～2.85变化,差别非常小.亲水氨基酸(P),中性氨基酸(N)和疏水性氨基酸(H)在蛋白质分子结构稳定性上起着不同的作用.

作 者： 陈进 李靖 章林溪 姜舟婷 夏阿根 叶高翔 赵得禄   作者单位： 陈进,李靖,章林溪,姜舟婷,夏阿根,叶高翔(浙江大学物理系,杭州,310028)

赵得禄(中国科学院化学研究所分子科学中心,北京,100080) 

刊 名： 高分子学报  ISTIC SCI PKU 英文刊名： ACTA POLYMERICA SINICA  年，卷(期)： 2003 ""(2)  分类号： O6  关键词： 球状蛋白质   紧密接触对   CSU软件   折叠  

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