参数序列比对算法研究

参数序列比对算法研究

序列比对是生物信息学中的一项重要任务,通过序列比对可以发现生物序列中的功能、结构和进化的信息.序列比对结果的生物学意义与所选择的匹配、不匹配、插入和删除以及空隙的罚分函数密切相关.现介绍一种参数序列比对方法,该方法把最佳比对作为权值和罚分的函数,可以系统地得到参数的选择对最佳比对结果的影响.然后将其应用于RNA序列比对,分析不同的参数选择对序列比对结果的影响.最后指出参数序列比对算法的应用以及未来的发展方向.

作 者： 张涛涛 郭茂祖 邹权 ZHANG Tao-tao GUO Mao-zu ZOU Quan   作者单位： 哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院,哈尔滨,150001  刊 名： 生物信息学  ISTIC 英文刊名： CHINA JOURNAL OF BIOINFORMATICS  年，卷(期)： 2008 6(2)  分类号： Q1  关键词： 参数序列比对   多边形分解   牛顿射线搜索算法   参数空间  

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