全基因组预测目标基因的新方法及其应用

全基因组预测目标基因的新方法及其应用

运用隐马尔可夫模型, 利用Perl编程, 以几种模式生物的蛋白质数据库为基础, 构建了目标基因的全基因组预测的新方法.该方法具有高通量, 准确度高且操作简易等优点, 特别在多结构域蛋白家族预测上更显优势.应用该方法对几种模式生物的全基因组PPR和TPR蛋白家族进行了预测, 其中粳稻日本晴中含有536个PPR蛋白、199个TPR蛋白;籼稻9311中含有519个PPR蛋白、177个TPR蛋白;拟南芥中含有735个PPR蛋白、292个TPR蛋白;红藻中6个PPR蛋白、32个TPR蛋白;蓝细菌以及古细菌中没有PPR蛋白, 但蓝细菌含有10个TPR蛋白, 古细菌有4个TPR蛋白, 并对所得结果进行了进一步生物信息学分析.

作 者： 张菁晶 冯晶 朱英国 李阳生 ZHANG Jing-Jing FENG Jing ZHU Ying-Guo LI Yang-Sheng   作者单位： 张菁晶,朱英国,李阳生,ZHANG Jing-Jing,ZHU Ying-Guo,LI Yang-Sheng(武汉大学生命科学院植物发育生物学教育部重点实验室,武汉,430072)

冯晶,FENG Jing(武汉大学高科技研究与发展中心,武汉,430072) 

刊 名： 遗传  ISTIC PKU 英文刊名： HEREDITAS(BEIJING)  年，卷(期)： 2006 28(10)  分类号： Q3  关键词： 基因预测   Perl   HMM   全基因组   PPR   TPR  

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